โดย…ดร.นิพนธ์ เอี่ยมสุภาษิต

    นักวิทยาศาสตร์ที่ศูนย์นวัตกรรมพลังงานชีวภาพขั้นสูงและนวัตกรรมผลิตภัณฑ์ชีวภาพ (Center for Advanced Bioenergy and Bioproducts Innovation – CABBI) ได้สร้าง CROPSR ซึ่งเป็น open-source software (ซอฟต์แวร์ที่สามารถแจกจ่ายได้ฟรี ในรูปแบบที่ผู้อื่นสามารถแก้ไขและสร้างใหม่ได้ตั้งแต่ต้น) ตัวแรกสำหรับการออกแบบและประเมินลำดับ guideRNA (gRNA – เป็นชิ้นส่วนของ RNA ที่ทำหน้าที่เป็นแนวทางสำหรับเอ็นไซม์ RNA- หรือ DNA-targeting ซึ่งพวกมันก่อตัวเป็นเชิงซ้อนด้วย บ่อยครั้งเอนไซม์เหล่านี้จะลบ แทรก หรือเปลี่ยนแปลง RNA หรือ DNA ที่เป็นเป้าหมาย)สำหรับการทดลองการแก้ไขยีนด้วยCRISPR

      Hans Müller Paul นักชีววิทยาระดับโมเลกุลและเป็นนักศึกษาปริญญาเอก แล ะMatthew Hudson ศาสตราจารย์ด้าน Crop Sciences จาก University of Illinois Urbana-Champaignกล่าวว่า “CROPSR ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์มีวิธีการและแนวทางใหม่สำหรับการทดลองเพื่อหยุดการทำงานของยีนด้วย CRISPR-Cas9

      ด้วยวิธีการศึกษาทั้งจีโนมช่วยลดเวลาที่จำเป็นในการออกแบบการทดลองที่ใช้เทคนิคCRISPR ลงได้อย่างมาก ซึ่งจะช่วยลดความท้าทายในการทำงานกับพืชต่าง ๆ และเร่งการออกแบบ การประเมิน และการตรวจสอบลำดับ gRNA และ CROPSR สามารถสร้างฐานข้อมูลของ CRISPR guide RNAs (gRNA ที่ใช้กับ CRISPR) ที่ใช้งานได้สำหรับจีโนมของพืชทั้งหมด ซึ่งเป็นกระบวนการที่ต้องใช้การคำนวณอย่างมากและใช้เวลานาน และมักจะต้องใช้เวลาหลายวัน

      ตอนนี้ นักวิจัยสามารถค้นหายีนในฐานข้อมูลของตนเองและgRNAทั้งหมดที่มีอยู่ แทนที่จะค้นหายีนเป้าหมายผ่านฐานข้อมูลออนไลน์ จากนั้นใช้เครื่องมือปัจจุบันเพื่อออกแบบgRNAแยกสำหรับ 5 ตำแหน่ง และทำการทดลองหลายรอบ

     ครับ เป็นเรื่องทางเทคนิคที่นักวิจัยพยายามค้นหาวิธีการที่เร็วขึ้นกว่าเดิมในการทำงานกับ gRNAที่ใช้กับเทคนิค CRISPR-Cas9

     อ่านเพิ่มเติมได้ที่ https://cabbi.bio/cropsr-a-new-tool-to-accelerate-genetic-discoveries